Das Verschlüsselungsprotokoll ist ein Protokoll zum Verschlüsseln von Transmissionen.
Während seiner Zeit beim Obsidianischen Orden erstellt Garak einige elementare Verschlüsselungsprotokolle. Während des Dominion-Krieges ist es dann seine Aufgabe, verschlüsselte Transmissionen zu decodieren um Informationen an den Geheimdienst der Sternenflotte weitergeben. Trotz seines Wissens im Bezug auf den Verschlüsselungsprotokolls, dauert es Tage, bis er die einen Satz entschlüsselt. (DS9: Nachempfindung)