Das Elementarteilchen Proton ist ein Bestandteil eines Atoms.
In einer telepathischen Botschaft einer fremden Spezies an Deanna Troi beschreiben diese das Element Wasserstoff mit den Worten Ein Mond kreist
. Data bestätigt diese Beschreibung, nach der Erkenntnis das damit Wasserstoff gemeint ist, mit den Worten Ein Elektron kreist um ein Proton
. (TNG: Augen in der Dunkelheit)
Die Kazon benutzen auf ihren Übungsgeländen unter anderem Waffen auf Protonenstrahl-Basis, wie beispielsweise Protonenstrahlminen. (VOY: Der Namenlose)
Als die USS Voyager von dem Q Quinn auf subatomare Größe verkleinert wird, wird diese von Protonen angegriffen. (VOY: Todessehnsucht)
2375 registriert Tuvok an Bord der USS Voyager Protonenstöße, welche das Schiff beschädigen. Diese werden von zwei getarnten Raumschiffen verursacht, die sich bekämpfen. (VOY: Unvergessen)