Ein Proteinumformer, auch Proteinumwandler oder Proteinresequenzer genannt, ist ein Gerät, welches die Möglichkeit bietet, Proteine in eine bestimmte gewünschte Form umzuwandeln und so eine bestimmte Speise zu produzieren. Proteinumformer werden von der Sternenflotte der Erde im 22. Jahrhundert eingesetzt, um Nahrung bereit zu stellen. Tragbare Proteinumformer können auf mehrere verschiedene Speisen programmiert werden.
An Bord von Raumschiffen der Sternenflotte werden Proteinumformer dazu eingesetzt, nicht an Bord befindliche Nahrung zu erstellen, während parallel dazu ebenfalls aus regulär gelagerten oder erworbenen Vorräten Speisen zubereitet werden (ENT: Eigenarten).
2151 werden Captain Archer und Subcommander T'Pol von coridianischen Widerständlern als Geiseln genommen. Als Archer von seinem Entführer über die Enterprise (NX-01) ausgefragt wird antwortet er ihm nur, dass die Proteinumformer an Bord des Raumschiffes gute Hühnchensandwiches machen machen würden. Dafür erhält er einen Schlag ins Gesicht. (ENT: Im Schatten von P'Jem)
Als sich die Kantare Ezral und Liana 2151 auf ihren langen Heimweg nach Kantare machen, gibt Commander Tucker ihnen einen Proteinumformer von der Enterprise mit. Er hat ihn unter anderem auf fünf Sorten Eiscreme programmiert, darunter Rocky Road, seine Lieblingsgeschmacksrichtung (ENT: Schiff der Geister).
Später, im 24. Jahrhundert, übernehmen Replikatoren die Aufgabe der Proteinumfomer, Nahrung bereit zu stellen.