Als die Große Diaspora wird von den Xindi jene Zeitperiode bezeichnet, in der sich ihr Volk über weite Teile des interstellaren Raumes. verstreut. Ausgelöst wird dieses Ereignis, als sich die überlebenden Xindi nach der Zerstörung ihrer Heimatwelt Xindus in den 2030er Jahren gezwungen sehen, sich anderswo in der Galaxie eine Lebensgrundlage zu schaffen.
Bis ins 22. Jahrhundert hinein siedeln Xindi auf vielen Welten innerhalb der Delphischen Ausdehnung, wie etwa Azati Prime oder der Xindi-Arborealen-Kolonie (ENT: Die Ladung, Azati Prime).
Die mysteriösen Sphärenbauer helfen den Xindi unter anderem dabei, geeignete Planeten zur Besiedelung zu finden. (ENT: Der Rat)
In die Zeit der Großen Diaspora fällt auch das Wirken des Philosophen Enarchis, der über sie Folgendes schreibt: "Ohne eine eigene Welt sind wir nichts weiter als Kinder, die sich in der Wildnis verirrt haben". (ENT: Azati Prime)
Später wird mit dem Xindi-Rat ein Instrument geschaffen, um die versprängten Stämme der Xindi politisch zu einen.