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Assimilationskammern sind jene Orte innerhalb eines Borgschiffes, in denen der Assimilationsvorgang an noch nicht assimilierten Individuen durchgeführt wird.

Die Kammern sind, wie alles an Bord eines Borgschiffes, absolut auf Funktionalität ausgerichtet. So findet man zentral in jedem dieser Räume mehrere Schrägen, die den Biobetten der Sternenflotte ähneln. Auf diese Betten werden die zur Assimilation vorgesehenen Individuen gefesselt und erhalten durch chirurgische Eingriffe erste Kortikal-, Okular-, Audio- und gliedmaßenersetzende Implantate. Ebenso wird ihnen hier ihre Körperpanzerung angepasst. Durch die Injektion speziell programmierter Nanosonden werden in dem darauf folgenden Reifungsprozess weitere Implantate ausgebildet. Somit werden weitere Eingriffe von außen umgangen und die Assimilationskammer muss von den Drohnen nur noch zur Kontrolle und zum Abschluss ihrer Assimilation aufgesucht werden. (VOY: Das ungewisse Dunkel, Teil II)

Geschützt werden die Kammern durch starke Kraftfelder, was es beinahe unmöglich macht, Gefangene heraus- oder einen Befreiungstrupp hineinzubeamen. Chakotay, Neelix und Tom Paris werden 2376 von einer Gruppe minderjähriger Borg-Drohnen an Bord eines Borg-Raumschiffes in solchen Kammern gefangen gehalten, nachdem dieser Kubus den Delta Flyer angegriffen hat. (VOY: Das Kollektiv)

2376 versucht Neelix die Plasmabrenner in seiner Küche an Bord der USS Voyager mit Borg-Technologie zu verbessern. Captain Kathryn Janeway lässt dies zu, befiehlt aber Chakotay Neelix genau zu beobachten, damit er die Küche nicht versehentlich in eine Assimilationskammer verwandelt. (VOY: Tsunkatse)